与之前的宝可梦系列游戏相似，游戏遵循线性的故事线，主要剧情以既定的顺序发生。游戏的主角是一位初出茅庐的宝可梦训练家。在与各种各样的宝可梦相遇的同时，主角需要捕捉宝可梦，培育它们，并且训练它们变强。为了成为一名出色的“宝可梦训练家”，主角将要踏上的冒险会遍布关都地区各个角落。在冒险的过程中，有许多事件等待着主角去解决。主角在冒险的旅途中会遇到火箭队的队员以及因为火箭队而发愁的人们，并为了阻止火箭队的恶行而战。为了登上顶峰，主角最后将要挑战的是“宝可梦联盟” ，而不打败宝可梦联盟的四天王，是无法成为冠军的
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